纤维肌痛综合征多见于女性，最常见的发病年龄为25～60岁。其临床表现多种多样，但主要有下述4组症状。

全身广泛性肌肉疼痛和广泛存在的压痛点是所有纤维肌痛综合征病人都具有的症状。疼痛遍布全身各处，尤以中轴骨骼（颈、胸椎、下背部）及肩胛带、骨盆带等处为常见。其他常见部位依次为膝、手、肘、踝、足、上背、中背、腕、臀部、大腿和小腿。大部分病人将这种疼痛描写为钝痛，痛得令人心烦意乱。病人常自述有关节痛，但没有关节肿。

另一现象是在一些特殊部位存在的压痛点，这些压痛点存在于肌腱、肌肉及其他组织中，往往呈对称性分布。用一定的力量按压这些压痛点时，患者会感受到疼痛，而在正常人则不会出现疼痛。

本组症状包括睡眠障碍、疲劳晨僵、认知功能障碍。约90%的病人有睡眠障碍，表现为失眠、易醒、多梦、精神不振，但纤维肌痛患者的睡眠障碍有二个重要的特点，第一是即使睡眠时间能够达到同年龄正常人的睡眠时间，但患者的精神和体力并不会得到恢复，一些患者甚至会诉说睡眠后比不睡的时候还累，另一个特点是入睡困难。50%～90%的病人有疲劳感，约一半病人的疲劳症状较严重，这种乏力与运动量多少没有关系。 76%～91%的病人会出现晨僵现象。大多数患者还会出现认知功能障碍，表现为记忆力减退、注意力不容易集中、说话的流利程度比如以前、计算能力下降；一些患者还会感到全身发僵。

一些患者会出现关节、关节周围疼痛、肿胀，但不会看到明显的关节肿。其他症状还有头痛、肠或膀胱激惹综合征。肠激惹综合症的患者容易出现腹痛、腹泻与便秘交替，但胃肠道检查没有异常发现；膀胱激惹的患者会出现尿频、尿急，但尿液和膀胱以及肾脏检查都没有异常。一些患者还会出现疼痛。患有纤维肌痛的患者通常还会出现一些心理异常，包括抑郁和焦虑。此外，病人劳动能力下降，约1/3的病人需改换工种，少部分人不能坚持日常工作。以上症状常因天气潮冷、精神紧张、过度劳累而加重。

一些纤维肌痛综合征患者可同时患有某种风湿病。这时临床症状即为两者症状的交织与重叠。