1.继发性肝癌：肝脏为转移性癌肿的好发器官，临床上较为常见。然继发性肝癌症状较轻，发展较慢，除肝脏癌变的症状之外，有原发癌灶的相应症状。其次，继发性肝癌多数呈结节型而很少有巨块型。甲胎蛋白试验在原发性肝癌大部分为阳性，而在继发性肝癌几乎皆为阴性。

2.肝硬化：原发性肝癌常在肝硬化的基础上发生，故肝癌与肝硬化的鉴别常有困难。鉴别的方法，在于详细的临床观察并配合一定的实验室检查。

3.肝脓肿：除较少的细菌性肝脓肿外，多为阿米巴性肝脓肿，其临床表现及某些实验室检查结果与原发性肝癌非常相似。以超声波检查或肝穿刺以资鉴别。

4.其他肝脏良性肿瘤，血管瘤，肝包囊虫病，胆囊癌，胰腺癌等，有时也可能与原发性肝癌相混淆，应注意鉴别。