女性感染阴道毛滴虫病后，一般要经过4-28天的潜伏期，主要表现大量臭味脓性阴道分泌物，分泌物呈泡沫状。严重时白带可混有血液。多数病人有外阴瘙痒和灼热感、排尿困难、疼痛、尿频、尿急、甚至间歇血尿等。症状往往于月经前后、妊娠、疲劳或房事后加重。检查时可发现外阴发炎、糜烂、阴唇水肿、阴道及宫颈粘膜发红及尿道炎、偶见腹股沟擦烂等。严重病人阴道壁和子宫颈有出血点和糜烂、呈典型的“杨梅状”、宫颈可充血、水肿。

诊断生殖器滴虫病最实用和可靠的检查化验是在女性的阴道和男性的尿道取分泌物直接找毛滴虫。一般用消毒棉拭子在阴道或尿道拭取分泌物，置于含有1至2ml的温热生理盐水试管中，用来涂成悬滴薄片，进行镜检，即可见到毛滴虫。毛滴虫也可经过培养检查，其准确率可达98%。

一般来说，诊断毛滴虫性阴道炎常需与念珠菌性阴道炎鉴别。念珠菌性阴道炎主要症状也是白带增多，外阴瘙痒，但是，念珠菌性阴道炎白带增多为水样或脓样，夹杂着乳酪样或豆腐渣样物。直接镜检可作出明确的诊断。